Assistant-e ingénieur-e en séquençage ngs - h/f

Description entreprise :

L'École normale supérieure de Lyon produit une recherche de haut niveau dans ses 25 laboratoires et forme par la recherche quelque 2500 étudiants dont 500 doctorants. Elle compte environ 550 enseignants, enseignants-chercheurs et chercheurs et 600 personnels administratifs et techniques.

Dans le classement de Shanghai et QS, elle apparaît parmi les tous premiers établissements français en termes de performance per capita.

Son objectif est d'avoir un impact significatif en matière de recherche, d'innovation et de transfert de technologie tout en irriguant la fonction publique et le monde socio-économique de diplômés rompus à la complexité, capables de produire et transmettre des savoirs.

L'ENS de Lyon met ses ressources au service d'une vision ouverte de la société et des enjeux contemporains qu'elle veut éclairer.

Son budget annuel est d’environ 160 M €.

L'ENS de Lyon est une école dynamique, où la qualité de vie au travail, le développement durable et l’égalité professionnelle représentent des dimensions centrales.

Description du poste :

Depuis 2012, l’Institut de Génomique Fonctionnelle de Lyon (IGFL) développe la plateforme de séquençage haut débit PSI, aujourd’hui en forte croissance et reconnue pour son expertise en génomique et technologies NGS.
La plateforme réalise un large éventail d’applications de séquençage (DNAseq, RNAseq, miRNAseq, ChIPseq, Bisulfite-seq, séquençage de longs fragments, etc.) et s’appuie sur un parc technologique de pointe intégrant les principales solutions du marché, notamment Illumina et Oxford Nanopore Technologies.
Pour répondre à une activité en pleine expansion et accompagner ses projets de recherche collaboratifs, la plateforme PSI recrute un·e Assistant·e ingénieur·e spécialisé·e en séquençage NGS.

MISSIONS :

Biologiste moléculaire, vous mettez en œuvre les techniques de séquençage NGS au sein de la plateforme PSI, notamment sur les technologies Illumina (NextSeq500, MiSeq) et Oxford Nanopore Technologies (PromethION P2), dans le cadre de projets de recherche, de collaborations scientifiques et de prestations de service.
Vous assurez l’ensemble des étapes des projets de séquençage, de la préparation des échantillons à l’acquisition et à la valorisation des données de séquençage haut débit, dans le cadre de collaborations de recherche et de prestations.
Vous contribuez également au bon fonctionnement général de la plateforme à travers des missions d’intérêt collectif et assurez un rôle de soutien technique essentiel à son organisation.

ACTIVITES PRINCIPALES :

• Participer à la réalisation des projets scientifiques (collaborations de recherche, contrats industriel, ANR, prestation de service, …) et aux développements technologiques de la plateforme
• Gérer et conduire des projets de séquençage de routine
• Rédiger les comptes rendus des expérimentations réalisées et les synthèses des résultats obtenus, et présenter les résultats expérimentaux.
• Synthétiser les procédures techniques et les protocoles appliqués
• Participer à la gestion et l'organisation générale de la plateforme (gestion des stocks, suivi du matériel, maintenance des équipements, gestion des échantillons)
• Assister les utilisateurs dans l'utilisation des équipements spécifiques de la plateforme
• Former, en interne et en externe, aux principes et à la mise en œuvre des techniques NGS les utilisateurs (personnel IGFL et extérieurs, chercheurs, Post-doc, ITA, stagiaires, académiques et privés) accueillis au sein de la plateforme
• Réaliser une veille technologique dans le domaine du séquençage haut-débit.

Le poste pourra également impliquer un travail en milieu confiné au sein des salles « propres » de la plateforme PSI, dans le cadre de projets spécifiques, ainsi que la réalisation ponctuelle d’expérimentations dans un laboratoire partenaire situé sur le campus de la Doua (Villeurbanne).

Profil recherché :

Connaissances sur l’environnement professionnel :

• Expérience professionnelle et connaissances solides séquençage haut débit (NGS)
• Maîtrise des bases théoriques et pratiques du séquençage sur Illumina (MiSeq, NextSeq500) et Oxford Nanopore Technologies (PromethION P2 solo)
• Connaissance des règles d’hygiène et de sécurité ainsi que des Bonnes Pratiques de Laboratoire (BPL)
• Anglais scientifique niveau B1

Savoir-faire opérationnels :

• Maitrise des techniques de biologie moléculaire : extraction, purification et contrôle qualité des acides nucléiques (quantification, qualification), PCR, RT-PCR, qPCR
• Construction et qualification de banques NGS et réalisation de séquençage haut débit
• Maîtriser l’utilisation des séquenceurs et les équipements périphériques
• Bonne connaissance des outils bureautiques et informatiques pour l'enregistrement des données, le pilotage d'appareils et pour la gestion des données acquises
• Capacité à rédiger des rapports techniques et à présenter des résultats à l’oral
• Autonomie dans la conduite des projets de séquençage de routine

Savoir-être :

• Aisance relationnelle et capacité à interagir avec des interlocuteurs variés (équipes internes, chercheurs, partenaires académiques et industriels)
• Esprit d’équipe et aptitude à travailler dans un environnement collaboratif et pluridisciplinaire
• Rigueur, organisation et fiabilité dans la réalisation des activités expérimentales et la gestion des données