Bioinformaticien F/H 100% / Plateforme de médecine génomique/ Cellule Bioinformatique/ Centre de Biologie et Pathologie EST/ Groupement Hospitalier EST

L'ÉTABLISSEMENT :
La Direction des Plateaux Médico-Techniques (DPMT) regroupe deux pôles d'activité médicale (PAM : le pôle imagerie et le pôle de biologie et anatomie pathologique (BAP). Le PAM BAP comprend des activités de biologie médicale, d'anatomie et cytologie pathologiques (ACP), de biotechnologies et des activités cliniques de consultation. Les différents services de biologie et ACP, constituent un laboratoire unique nommé Laboratoire de Biologie Médicale Multi-Sites (LBMMS) dont l'activité est articulée autour de 3 centres de biologie et pathologie (CBP) : Centre de Biologie et de Pathologie Nord (CBPN), Centre de Biologie et de Pathologie Sud (CBPS), Centre de Biologie et de Pathologie Est (CBPE). Il comprend aussi le service d'immunologie biologique de l'hôpital Edouard HERRIOT (HEH) et le service de biologie de la reproduction situé à l'HFME.
LE POSTE :
La Cellule Bioinformatique des Hospices Civils de Lyon (HCL) est constituée de 5 bioinformaticiens, 1 développeur web et 2 maîtres de conférences hospitalo-universitaires. Elle est en charge de l'analyse des données de séquençage haut débit à visée diagnostique pour l'ensemble des HCL. L'activité de la Cellule concerne à la fois la génétique constitutionnelle, somatique et l'infectiologie. Les analyses bioinformatiques sont réalisées via des pipelines nextflow développés en interne par les différents membres de la Cellule, l'ensemble de l'activité étant centralisée autour d'une application web couplée à une base de données interne.
Le projet stratégique des HCL établi en 2025 a fait de la Médecine Génomique l'une de ses priorités. Dans ce cadre, la Cellule Bioinformatique est amenée à développer de nombreux outils bioinformatiques afin de répondre aux demandes des équipes de biologie. Ces outils sont ensuite mis en production et doivent être mis à jour et maintenus activement pour assurer une continuité de service.
Afin de participer à ces différentes tâches, la Cellule Bioinformatique recrute un(e) bioinformaticien(ne) de profil généraliste. La personne recrutée sera en charge de répondre aux besoins de développement, de maintenance et de mise à jour d'outils bioinformatiques pour l'analyse de données biologiques. En particulier, la personne recrutée pourra être amenée à réaliser les tâches suivantes :
Développement de pipelines ou de logiciels d'analyse bioinformatique (recueil du besoin, développement du pipeline selon les bonnes pratiques, qualification et mise en production du pipeline dans l'infrastructure existant aux HCL, maintenance). Les grandes thématiques de développement prévues incluent en particulier l'analyse de données de séquençage de 3ème génération et le RNA-Seq ;
Support et formation des utilisateurs ;
Automatisation de tâches, comme par exemple la mise à jour des bases de données utilisées pour l'annotation ;
Participation à l'activité diagnostique courante : réalisation et suivi des analyses de routine.
Développement de nouvelles fonctionnalités dans l'application web.
PROFIL RECHERCHÉ :
Titulaire d'un diplôme de niveau Master 2, Ingénieur ou Doctorat en bioinformatique ou domaine connexe, avec 3 ans minimum d'expérience dans l'analyse de données NGS.
Compétences souhaitées :
· Très bonne maîtrise des outils bioinformatiques utilisés pour l'analyse de données NGS
· Très bonne maîtrise des bases de données utilisées pour l'analyse de données NGS
· Très bonne maîtrise des langages de script (bash, perl ou python) et de R
· Maîtrise des bonnes pratiques de développement informatique
· Maîtrise des langages PHP et SQL
· Maîtrise des systèmes d'exploitation Linux/Unix
· Maîtrise des systèmes de gestion de version (git)
· Connaissance des systèmes de conteneurisation (Singularity, Docker)
· Connaissance des environnements de calcul scientifique et d'au moins un ordonnanceur (idéalement SLURM)
Qualités requises :
Rigueur et organisation
Très bonne aptitude relationnelle et pédagogique pour travailler en équipe
Autonomie et esprit d'initiative
Curiosité intellectuelle, goût de l'investissement dans des activités nouvelles et variées
Capacités d'auto-formation et de veille technologique
Capacité d'adaptation à des situations nouvelles
Maîtrise des techniques de présentation écrite et orale, bonnes capacités rédactionnelles (documentation et guide)
CONDITIONS CONTRACTUELLES
Filière : Médico-technique
Etablissement : GROUPEMENT HOSPITALIER EST
Service / Spécialité : Plateforme de médecine génomique/ Cellule Bioinformatique
Nature du contrat : CDD, Titulaire
Quotité de temps de travail : 100%
Modèle Horaires : Poste du lundi au vendredi, en 39h hebdomadaires, 28 CA et 20 RTT par année civile.
Nature du poste : Poste vacant
Pour les professionnels titulaires de la fonction publique, le poste est à pourvoir par voie de mobilité interne, mutation ou détachement.
Pour les professionnels non-titulaires, le poste est à pourvoir en CDD avec possibilité de mise en stage rapide afin d'accéder au statut de la fonction publique.
Catégorie Emploi : Catégorie A
Date de recrutement souhaitée : 01/02/2027
Nom du Cadre Recruteur : GROSS Monique